先后多次获得国家自然科研基金、国家卫生部科研基金和北京大学医学部科研基金。 荣获部级科学技术进步2等奖两项、3等奖两项，“中国优生优育”杂志“斯利安”优秀论文3等奖一项。

曾先后与澳大利亚悉尼大学、东京齿科大学、美国纽约大学、美国高露洁齿科研究中心开展多项科研合作，取得了丰硕的科研成果。
　　 近年来常与美国儿童牙医学者深入探讨儿童疑难牙病治疗的新进展，为提高我国儿童口腔医学水平和儿童牙病临床疑难病症的治疗，做出了新的贡献。

在中国优生优育协会的领导下，“儿童口腔保健专业委员会”在邓辉教授的主持下，于2005年秋季举办了“国际儿童口腔疾病防治新理念、新技术培训班”，培训了一大批基层医疗机构急需的专业人才。为降低我国儿童龋齿的发生率，提高婴幼儿童的健康素质；为更深入广泛地推广儿童口腔疾病的防治，促进口腔及牙齿正常的发育，增添了浓重的一笔。